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　　蛋白质结构预测网址 蛋白质结构预测网址 物理性质预测: ＣomｐuteＰI/ＭWﻫPepｔidemassＴGREASEﻫSAＰSﻫ基于 组成的蛋白质识别预测ﻫAACompIｄeｎtPROPSEARＣＨﻫ二级 结构和折叠类预测 nnpreｄictﻫＰredictproｔｅiｎ SSPREDﻫ特殊结构或结构预测 ＣＯILSﻫMａcStrｉpｅ 与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步， 由于数据库和网络技校术的发展,蛋白序列的检索是十分方便,将蛋白 质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行 的。ﻫ由ＮＣBＩ检索蛋白质序列 可联网到：“进行检索。ﻫ利用SRS系统从ＥＭＢＬ检索蛋白质序列 联网到：，可利用ＥMBＬ的SRＳ系统进行蛋白质序列的检索.ﻫ通 过EMAIL进行序列检索ﻫ当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数 量的蛋白质序列时,可采用EMAIＬ方式进行序列检索。ﻫ蛋白质基本 性质分析 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包 括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点,亲水性,和疏水性、信号 肽，跨膜区及结构功能域的分析等到.蛋白质的很多功能特征可直接 由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。 同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行 转移的靶标（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋 白质将被引向内质网.WEＢ中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质 的功能。ﻫ疏水性分析ﻫ位于ＥxPＡSy的ProtSｃalｅ程序（）可被 用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余 种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为 蛋白质序列或SＷISSPＲOT数据库的序列接受号.需要调整的只是计 算窗口的大小（n)该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度. ﻫ进行蛋白质的亲/疏水性分析时，也可用一些wｉndoｗｓ下的软件 如，bioｅdｉt，dｎamana等. 跨膜区分析 有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接,观察以２0个氨基酸 为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域，但同时还有多种更加复杂 的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具置和它们的膜向性.这些 技术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜 螺旋Tmbａse数据库，可通过匿名FTP获得（），参见表一 资源名称网址说明 TMPREＤ基于对ｔｍｐｒed数据库的统计分析PHDhtｍ...tprote ｉｎ。htｍlMEMSＡT微机版本ﻫ，蛋白质序列含有跨膜区提示它 可能作为膜受体起作用,也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道 蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相 蛋白质结构预测网址 关。“或“” 前导肽与蛋白质定位 在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所 隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向 运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信 息存在于该蛋白质自身结构中,并通过与膜上特殊的受体相互作用而 得以表达.在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA 片段,这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。含有信号 肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作 用，从而具有潜在的应用价值。 ﻫ ﻫ卷曲螺旋分析ﻫ另一个能够直接 从序列中预测的功能ｍotｉf是α—螺旋的卷曲排列方式.在这种结构 中,两种螺旋通过其疏水性界面相互缠在一起形成一个十分稳定的结 构。ﻫ蛋白质卷曲的相关资源ﻫ资源网址ﻫcoiled—coilﻫ蛋白质功 能预测ﻫ基于序列同源性分析的蛋白质功能预测 到少有８0个氨基酸长度范围内具有２５％以上序列一致性才提示可 能的显著性意义。最快的工具如ＢlａsｔP能很容易地发现显著性片 段，而无需使用十分耗时的BLITZ软件。 基于ＮCＢI／BLAＳT软件的蛋白序列同源性分析ﻫ类似于核酸序列 同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入ＮCBI/BＬAST（), 选择程序BＬAＳＴP就可网上分析。ﻫ基于WU／BLＡST2软件进行 分析ﻫ华盛顿大学的BＬAＳT软件(ｄovｅ。embl—heidelberg.dｌ ／blasｔ2）也可进行蛋白质序列的同源性分析. 基于mｏtif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测 蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分 析也是生物信息学的一个部分。 同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进 化速率,一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能. 在序列模式的鉴定方面有两类技术,第一类是依赖于和一致性序列 （conseｎｓussequｅｎce）或基序各残基的匹配模式，该技术 可用于十分容易并快速搜索mｏｔif数据库。ﻫMoｔｉf数据库-PＲ OSIＴEﻫ最好的是PRＯＳITE)ﻫ蛋白质序列的（ｐrｏｆile）分析 ﻫInterProScan综合分析网站ﻫＩntｅｒProSｃan是EBI开发的一个 集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWIＳS—PROＴ， TrEMＢL.PROTSITE.ＰRＩNＴＳ．ＰFAＭ．ProDｏm等数据库提 供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域,ｍｏtif等信息统一起 来，提供了一个较为全央的分析工具.ﻫ 蛋白质的结构功能域分析ﻫ简单模块构架搜索工具(sｉmplemodｕl ａraｒchiteｃturｅresearchｔool,SMARＴ）一个较好的蛋白质结 构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构 域同时提供相关的资源的链接ﻫ蛋白质结构预测 PDB数据库 蛋白质基本立体结构数据库（ＰDＢ，）其中有大量工具用于查看 PDＢ数据库中的结构，如raｓmol，可用于显于出蛋白质的空间结 构，下载地址：）ﻫPDBFｉnder数据库 蛋白质结构预测网址 是在PDB、DSSＰ、HSSP基础上建立的二级库,它包含PＤＢ序列,作 者，R因子，分辨率、二级结构等,这些些信息随着PDB库每次发布 新版，PＤＢＦｉnder在ＥBＩ自动生成,网址为“。ﻫＮRL-3D数据 库 是所有已知结构蛋白质的数据库,可用于查询蛋白序列时行相似性分 析以确定其结构ﻫISSＤ数据库 蛋白质序列数据库,其每个条目包含一个基因的编码序列，同相应的 氨基酸序列对比,并给出相应的多肽链结构数据。ﻫHＳSP数据库ﻫ是 根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库，每一条PDB项目都有一 个对应的HSＳP文件,ﻫ蛋白质结构分类数据库 对已知蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库，位于剑桥的站 点也提供BLAST检索服务 MＭDB蛋白质分子模型数据库ﻫ是ENTRＥＺ检索工具所使用的三维 结构数据库，以ASN格式反蚋的PDB中的结构和序列数据。NCBI同 时提供一个配套的三维结构显示程序的Ｃn3D,ﻫＤaｌi/FSＳP数据库 基于PDB数据库中现有的蛋白质三维结构，用自动结构对比程序 Dali比较而形成的折叠单元和家庭分类库. 蛋白质二级结构预测 基于序列进行蛋白质二级结构方面已有了大量文献描述,本质上,这些 研究可被分为两大类:基于单一序列的分析和基于多重序列对齐的分 析。ﻫ文献报道PHＤ程序是目前此方面的最好程序，提供了从二级 结构到折叠方面分析的多种资源。其网址为，也可通过eｍａil:pｒe ｄictｐｒｏtｅin＠emｂl-heidｅlberg．de进行数据分析。ﻫ蛋白质 三级结构预测 蛋白质同源家庭的分析对于确立物种之间的亲缘关系和预测新蛋白 质序列的功能有重要意义，同源蛋白质(hｏmoｌog）进一步划分为 直系同源（orｔholog）和旁系同源（ｐaｒaloｇ)，前者指不同物 种中具有相同功能和共同起源的基因，后者则指在同一物种内具有 不同功能,但也有共同起源的基因,例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、 β珠蛋白和肌红蛋白。 蛋白质分类数据库（PrｏtoMａp） 是对SWISS-ＰＲＯT数据库中的全部蛋白质由计算机自动时行层次 分类，把相关者聚集分极所得到的数据库.ﻫ蛋白质序列多重对齐分 析及进化分析 如果发现一个未知蛋白质序列和较多不同和种属或同一种属的蛋白 质序列具有较高的同源性(大于3０％)那么提示待分析的蛋白质序列 可能是相应家族的成员,从而可从分子时化的角度对蛋白质序列进行 综合分析。ﻫ常用在线蛋白工具 BCM SeａrchＬauｎcher ﻫ ﻫ 蛋白序列二级结构预测综合站点，从 此出发,输入蛋白序列，可以根据需要,使用各种在线预测工具，包括 Ｃoiｌs、nnPredict、ＰSSP/ＳＳP、 PSSP/NNＳＳ P、SAPS、TMprｅd、ＳOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicitｙ ／HｙdroｐhｏbicitySeａrch、SＯPM,使用十分方便. DAS 蛋白质结构预测网址 蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域。ﻫToｐPred 2 斯德哥尔摩大学理论化学蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测 Ｔopologypreｄictｉｏn of meｍbranｅ proteins在线工具 SOSUI 东京农业科技大学（TokyoＵｎiｖｅrsｉｔy of Agriculｔure an ｄ Ｔeｃhnｏloｇｙ)提供的膜蛋白分类和二级结构预测在线工具。 ﻫPSIpred- MEMＳAT2 本蛋白结构预测服务器允许你提交一个蛋白序列，进行二级结构预 测与跨膜拓朴结构预测,并将结果用ＥＭＡIL提供给您。ﻫHMMＴOP ﻫ预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器ﻫTMｐred 预测蛋白序列跨膜区ﻫTMHMＭ 预测蛋白的跨膜螺旋ﻫThe PredictProtｅiｎ seｒver ﻫ提供蛋白数据 库查询，预测蛋白各种结构的服务ﻫSMART ﻫ提供蛋白序列,在结构 域数据库中查询,显示出其结构域及跨膜区等ﻫＳPLIT ﻫ膜蛋白二级结 构预测服务器 PＲＥD－TMR ﻫ提供基于SｗiｓｓPｒｏt数据库统计分析的预测蛋 白跨膜片段的服务 ＣoPreThｉ ﻫ基于ＩNＴERＮET的JＡVA程序，预测蛋白的跨膜区 TMAP ﻫ提供预测蛋白跨膜片段的服务ﻫmultalin ﻫ蛋白序列对照服 务器，比较几条蛋白序列的结构。 ProteｉnＳｅquence Anａlyｓiｓ 巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在线工具，绝对精选。ﻫＰS Ａ ProｔｅinSequeｎcｅ Aｎaｌysｉs 服务器为美国波士顿大学生 物分子工程研究中心（the BioMolecular Enｇｉneｅring Reseaｒc ｈCentｅr ）开发，提交氨基酸序列,预测二级结构及折叠区域. PRS EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸组成而非氨基酸序列顺序进行 蛋白家族及各种特性预测的服务器，并将结果通过EMAＩＬ发给您。 ﻫAAＡ ﻫＥＭＢＬ氨基酸分析服务器,与上一个服务类似,以氨基酸残 基组成为蛋白分析基础数据，结合蛋白数据库进行分析。 物理性质预测： Comｐute PI/MWﻫPep ｔｉ de ｍ ass TＧＲＥAＳE SAPS ﻫ基于组成的蛋白质识别预测 AACｏｍpＩｄent PＲＯPSEAＲCHﻫ二级结构和折叠类预测 ﻫnｎｐrediｃt ﻫPrｅｄictproｔein ﻫＳSPRＥD ﻫ特殊结构或结构 预测ﻫCOIＬＳ MacＳｔripe ﻫ与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关 分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋白序列的检索 是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联 网进行检索均是可行的。ﻫ由ＮＣＢI检索蛋白质序列ﻫ可联网到：“” 进行检索。ﻫ利用ＳRS系统从EＭBＬ检索蛋白质序列ﻫ联网到:,可利 用EMBL的SRＳ系统进行蛋白质序列的检索。 蛋白质结构预测网址 通过EMAIL进行序列检索 当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可 采用ＥＭAIＬ方式进行序列检索.ﻫ蛋白质基本性质分析ﻫ蛋白质序列 的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的 氨基酸组成，分子质量，等电点,亲水性，和疏水性、信号肽,跨膜区 及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其 序列而获得。例如,疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时,也有很 多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标 （其中最典型的例子是在羧基端含有KDＥＬ序列特征的蛋白质将被 引向内质网.WEＢ中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。 疏水性分析 位于ExＰAＳy的ＰｒotSｃaｌe程序( ）可被用来计算蛋白质的疏水 性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的5０余种不同属性，并为每一 种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISＳP ＲOT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小（n)该 参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。ﻫ进行蛋白质的亲/ 疏水性分析时,也可用一些windows下的软件如, bｉoeｄit，dnam ａna等。ﻫ跨膜区分析 有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接，观察以20个氨基酸 为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域,但同时还有多种更加复杂的、 精确的算法能够预测跨膜螺旋的具置和它们的膜向性。这些技 术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺 旋Tmbase 数据库，可通过匿名ＦTP获得（)，参见表一ﻫ资源名称 网址说明ﻫＴＭPＲED 基于对tｍpreｄ数据库的统计分析ＰＨDh ｔm ．。。 tpro ｔ ein.ht ｍ l MEMSＡT 微机版本 ，蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是 定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等,从而，含有跨膜区的蛋白 质往往和细胞的功能状态密切相关。“或“”ﻫ前导肽与蛋白质定位ﻫ在 生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔 开,这样就涉及到蛋白质的转运.合成的蛋白质只有准确地定向运行才 能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信息存在 于该蛋白质自身结构中,并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表 达。在起始密码子之后,有一段编码疏水性氨基酸序列的RNＡ片段， 这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列.含有信号肽的蛋 白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从 而具有潜在的应用价值。 ﻫ ﻫ 卷曲螺旋分析 另一个能够直接从序列中预测的功能ｍotｉf是α-螺旋的卷曲排列方 式。在这种结构中,两种螺旋通过其疏水性界面相互缠在一起形成一 个十分稳定的结构。 蛋白质卷曲的相关资源ﻫ资源网址 ｃｏｉｌｅｄ-ｃoｉｌ 蛋白质功能预测ﻫ基于序列同源性分析的蛋白质功能预测 到少有8０个氨基酸长度范围内具有25％以上序列一致性才提示可 能的显著性意义。最快的工具如BlastP能很容易地发现显著性片段, 蛋白质结构预测网址 而无需使用十分耗时的BLITZ软件。ﻫ基于NCＢＩ／BLASＴ软件的 蛋白序列同源性分析 类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入 ＮCＢI/ＢＬAST（），选择程序BLＡＳＴＰ就可网上分析.ﻫ基于Ｗ U/BLＡST2软件进行分析ﻫ华盛顿大学的ＢLAＳＴ软件(dove．emb ｌ-heidｅlberg.dl／bｌast2）也可进行蛋白质序列的同源性分析。 基于ｍotif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测ﻫ蛋白 质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也 是生物信息学的一个部分。ﻫ同时，分子进化方面的研究表明，蛋白 质的不同区域具有不同的进化速率,一些氨基酸必须在进化过程中足 够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术， 第一类是依赖于和一致性序列(ｃｏnseｎｓuｓ seｑuenｃe)或基序 各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索ｍotiｆ数据 库。 Motif数据库-PRＯSＩＴE 最好的是ＰROSＩＴE）ﻫ蛋白质序列的（ｐrofilｅ）分析 ﻫ ﻫ Ｉ nterProScａn综合分析网站ﻫＩｎtｅrＰrｏSｃan 是EBI 开发的一个 集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWＩSＳ—PRＯ T,ＴrＥMBL。PＲOTSＩTE.PRINTS.PＦAM。ＰｒｏDom 等数据库 提供的蛋白质序列中的各种局域模式,如结构域，ｍｏｔif等信息统 一起来,提供了一个较为全央的分析工具。 蛋白质的结构功能域分析 简单模块构架搜索工具(simple moduｌaｒ architｅｃtureｒesea ｒcｈtoｏｌ，SＭARＴ)一个较好的蛋白质结构功能域的数据,可 用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资 源的链接ﻫ蛋白质结构预测 ＰＤB数据库 蛋白质基本立体结构数据库（ＰDB, ）其中有大量工具用于查看PＤ B数据库中的结构，如rasmoｌ，可用于显于出蛋白质的空间结构， 下载地址：） PDＢＦｉndeｒ 数据库 是在ＰDB、DSＳP、HSSP基础上建立的二级库,它包含PDB序列， 作者，Ｒ因子，分辨率、二级结构等，这些些信息随着PDB库每次 发布新版,ＰDBFinder在EBI自动生成,网址为“ . NＲＬ—3Ｄ数据库 是所有已知结构蛋白质的数据库,可用于查询蛋白序列时行相似性分 析以确定其结构 ISSD数据库 蛋白质序列数据库,其每个条目包含一个基因的编码序列,同相应的氨 基酸序列对比，并给出相应的多肽链结构数据。 ＨＳSP数据库ﻫ是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库，每一 条PDB项目都有一个对应的HSＳP文件, 蛋白质结构分类数据库 蛋白质结构预测网址 对已知蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库，位于剑桥的站 点也提供ＢＬASＴ检索服务 ﻫMMDＢ蛋白质分子模型数据库ﻫ是E ＮTＲEZ检索工具所使用的三维结构数据库,以AＳＮ格式反蚋的PDB 中的结构和序列数据。NCBI同时提供一个配套的三维结构显示程序 的Cn3D,ﻫDａｌi／ＦSＳＰ数据库ﻫ基于ＰDB数据库中现有的蛋白 质三维结构，用自动结构对比程序Dali比较而形成的折叠单元和家 庭分类库。 蛋白质二级结构预测ﻫ基于序列进行蛋白质二级结构方面已有了大量 文献描述,本质上，这些研究可被分为两大类:基于单一序列的分析和 基于多重序列对齐的分析。ﻫ文献报道PHＤ程序是目前此方面的最 好程序，提供了从二级结构到折叠方面分析的多种资源.其网址为,也 可通过eｍａil：prediｃｔｐrotein＠eｍbl-hｅidelberg.dｅ进行数 据分析. 蛋白质三级结构预测 蛋白质同源家庭的分析对于确立物种之间的亲缘关系和预测新蛋白 质序列的功能有重要意义，同源蛋白质（hｏｍolog）进一步划分为 直系同源（oｒthoｌog）和旁系同源（paｒaｌｏg），前者指不同 物种中具有相同功能和共同起源的基因,后者则指在同一物种内具有 不同功能,但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋 白、β珠蛋白和肌红蛋白。ﻫ蛋白质分类数据库(PrｏｔoMap） 是对SWISS—PROT数据库中的全部蛋白质由计算机自动时行层次分 类,把相关者聚集分极所得到的数据库。ﻫ蛋白质序列多重对齐分析 及进化分析ﻫ如果发现一个未知蛋白质序列和较多不同和种属或同一 种属的蛋白质序列具有较高的同源性（大于30％)那么提示待分析的 蛋白质序列可能是相应家族的成员，从而可从分子时化的角度对蛋 白质序列进行综合分析。ﻫ常用在线蛋白工具ﻫＢＣＭ Search Launchｅｒﻫ 蛋白序列二级结构预测综合站点，从此出发，输入蛋白序列，可以 根据需要,使用各种在线预测工具,包括Coiｌｓ、nnPredｉct、ＰＳ SP／SSP、 PSSP/NＮSSP、ＳAPS、ＴＭpｒｅd、SＯＵSI、Ｐairc ｏiｌ、Protｅin Hydrophilicｉｔy/Hｙdrophoｂiｃitｙ Sｅａrcｈ、 ＳＯPM，使用十分方便。ﻫＤAS 蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列,预测跨膜区域。ﻫTopPred2 斯德哥尔摩大学理论化学蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测 Ｔopology prediction of ｍembrａneｐroteｉnｓ在线工具 ＳOSＵI 东京农业科技大学(Ｔokyo Univeｒsity of Agrｉculturｅ and Teｃhｎ ology)提供的膜蛋白分类和二级结构预测在线工具.ﻫPSIｐｒed— ＭＥMSAT２ ﻫ本蛋白结构预测服务器允许你提交一个蛋白序列,进行 二级结构预测与跨膜拓朴结构预测,并将结果用EMAIL提供给您。 ＨＭＭTOP 预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器 TＭpred ﻫ预测蛋白序列跨膜区ﻫTMHＭM 预测蛋白的跨膜螺旋 蛋白质结构预测网址 Tｈe PrｅdictPrｏｔｅｉn ｓｅrvｅr ﻫ提供蛋白数据库查询,预测蛋白 各种结构的服务 SMＡＲT 提供蛋白序列，在结构域数据库中查询，显示出其结构域及跨膜区 等 SPLＩＴ 膜蛋白二级结构预测服务器 PREＤ-TＭR ﻫ提供基于ＳｗissPｒｏt数据库统计分析的预测蛋白跨 膜片段的服务 CoPrｅThi ﻫ基于ＩNTERNEＴ的JＡVＡ程序,预测蛋白的跨膜区 TMAP 提供预测蛋白跨膜片段的服务ﻫｍｕltａｌiｎ 蛋白序列对照服务器，比较几条蛋白序列的结构。ﻫＰroteｉn Ｓ equeｎｃeAnalysiｓ 巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在线工具，绝对精选。ﻫPSA ﻫProteｉn Sequencｅ Anａｌysis 服务器为美国波士顿大学生物分子 工程研究中心（the BiｏMolecular Engineeｒinｇ Resｅarch Center )开发,提交氨基酸序列,预测二级结构及折叠区域。ﻫPＲS EMBＬ提供的以未知蛋白序列的氨基酸组成而非氨基酸序列顺序进 行蛋白家族及各种特性预测的服务器,并将结果通过EMAIL发给您.ﻫ ＡAＡ ﻫEMBL氨基酸分析服务器，与上一个服务类似，以氨基酸残 基组成为蛋白分析基础数据,结合蛋白数据库进行分析.